南宋的都城在杭州。对于南宋朝廷来说，之所以要将都城设在杭州，而不是南京，主要原因就是南京在地理位置上比较靠近前线，容易受到金国骑兵部队的冲击。当然，南京虽然有长江天险可以防守，但是，一旦金国的骑兵渡过长江的话，南京的形势就会和北宋的都城汴梁一样，直接暴露在敌人的兵锋之下。在此基础上，北京灭亡的经历自然可谓在南宋皇帝中留下了深刻的印象。由此，相对于南京，南宋显然更愿意将都城放在更南边的杭州了，和南京比起来，杭州拥有更大的缓冲空间。

其次，自北宋被金国消灭后，南宋王朝就处在颠沛流离的道路中，其都城也是在不断地变迁着。公元1127年，靖康之变后，宋徽宗第九子康王赵构幸免于难，定都南京应天府(今河南省商丘市一带)继承大宋皇位，定国号仍为宋，史称南宋。

由此，对于南宋王朝来说，一开始设立的都城是南京应天府(今河南省商丘市一带)。不过，宋高宗即位的第二年，金国以张邦昌被废为名，继续大举南侵。之后宋高宗一路南退，过淮河渡长江。在南宋初期，其与金国以淮水至大散关一线为界，并且改江宁府为建康府(今南京市)作为行都，称“东都”。

在南宋初期，宋高宗赵构也有想以建康府(今南京市)作为都城的想法，但是，金国的骑兵，却让赵构不敢留在南京。公元1129年九月，金兵渡江南侵，宋高宗南逃。十月到越州(今浙江绍兴)，随后又逃到明州(今浙江宁波)，并自明州到定海(今浙江舟山)，漂泊海上，逃到温州(今属浙江)。

建炎四年(1130年)夏，金兵撤离江南后，赵构才又回到绍兴府(今浙江绍兴)、临安府(今浙江杭州)等地，后将临安府定为南宋的行在。与此同时，宋高宗赵构还重用岳飞等抗金将领，以此抵抗金国的进攻。

最后，在笔者看来，对于宋高宗赵构，因为金国士兵的进攻，一度跑到了海上。而相对于南京，杭州更加靠近大海，也即为了防备金国的再次进兵，宋高宗赵构更愿意呆在杭州，从而在危急时刻逃到海上。绍兴二年(1132年)，宋高宗正式迁都杭州，南宋朝廷初步在东南站稳了脚跟，而建康府(今南京市)则成为了留都。

此外，针对南宋的都城，有历史学者认为南宋没有正式的都城，其理论上的都城为南京应天府(今河南省商丘市一带)，不过被金国占据了，虽然南宋皇帝长期呆在杭州，但是，杭州在名义只是南宋的“行在”，而不是正式的都城。